Viganj se kao naselje prvi put spominje u zemljišniku Dubrovačke Republike iz 1336. kao Vigel i Vighen, iako je mnogo starijeg postanka. Za samo porijeklo naziva Viganj vezano je više legendi. Prema jednoj, ono je vezano uz naziv susjednih naselja Nakovane i Kućišta. Ta legenda kaže da su jednom davno živjela tri brata, sinovi kovača, od kojih je jedan naslijedio kućište (kuću i okućnicu), drugi naslijedio viganj (kovački mijeh), a treći naslijedio nakovanj, pa su po njima susjedna mjesta u kojima su se naselila i dobila nazive. No, ova je legenda novovjeka, a na ovom području nikad nije postojala kovačka djelatnost.
Postoji mišljenje da naziv nije vezan uz kovačiju, već da zbog učestalosti vjetra, naročito ljeti, ovo područje podsjeća na kovački mijeh, pa da je stoga dobio naziv Viganj. Najvjerojatnije je ipak da je sam naziv antroponimnog postojanja, budući da se u to doba spominje Viganj kao osobno ime jednog velikaša.
Ostaci kremena i drugi arheološki artefakti pokazuju da je Viganj kao i Nakovana bio naseljen u Neolitiku. Vjerojatno se radilo o istoj grupi ljudi koja je živjela u Nakovani, a periodično se spuštala na more u potrazi za morskom ishranom.
Tijekom antike Nakovana je s ilirskim naseljem na brdu Grad dominirala cijelim ovim područjem, kontrolirajući pomorske puteve.
Zbog bolje kontrole kanala nakovanski Iliri su podigli veći broj utvrđenih stražarnica na vrhovima brda iznad Vignja, te na najužem dijelu Pelješkog kanala, rtu Sv. Ivana.
Uz te stražarnice, brojne gomile (montuni) na predjelu Montuna, te grobovi iz istog perioda na području Bilila i Dola, kao i krhotine keramike ukazuju na to da je već negdje u V st.pr.K. na području Vignja postojalo stalno naselje lokalnih Ilira. Nažalost svi ovi ostaci uništeni su modernim zgradama, te se samo može pretpostaviti veličina i značenje ovog naselja. Vjerojatno se radilo o trgovačkom mjestu gdje su lokalni Iliri trgovali s Grcima iz njihove kolonije u Lumbardi na Korčuli, o čemu svjedoče ostaci nađeni u Nakovani. O razvijenosti pomorske trgovine na ovom području svjedoči i potopljena antička galija s teretom kod Sv. Ivana.
Sudbina ilirskog naselja u Vignju vjerojatno je slijedila sudbinu ostalih Ilira na ovom području. Dolaskom Rimljana u I st.pr.K. Iliri bivaju ili protjerani ili porobljeni, dok se ostatak romanizira. Arheološki ostaci pokazuju da je Nakovana do dolaska Rimljana bujala životom, da bi u sljedećih nekoliko stotina godina u njoj život odumro, a centar življenja seli se na obalu.
Tijekom rimske vladavine isluženi ratni veterani dobivali su za svoje zasluge posjede u osvojenim zemljama, gdje bi gradili svoje ladanjske kuće – ville rusticae.
Ostatke desetak villa rustica možemo pronaći na području od Sv. Ivana u Vignju do Trstenice u Orebićima. To je bilo vrijeme u kojoj su stanovnici Rimskog carstva uživali u miru i prosperitetu i nije bilo straha od gusara i ostalih opasnosti koje su vrebale s mora. Zbog toga su ville rustice bile sagrađene bez obrambenih zidova i na samoj obali, a vjerojatno su sve bile povezane putem. Navodno se dijelovi tog puta mogu nazrijeti u plićacima viganjske obale. Nažalost zbog moderne gradnje, gotovo sve ville rustice su uništene, a jedini ostatak rimske prisutnosti u Vignju je poklopac sarkofaga iz I st., te nekoliko amfora.
Do dolaska dubrovačke vlasti 1333, Viganj je uglavnom slijedio sudbinu ostatka Pelješca, na kojoj se izmjenjivala vladavina različitih državnih tvorevina i velikaša. Kupnjom Pelješca dubrovačka vlastela razdijelili su među sobom poluotok. Zbog udaljenosti od samog grada, a za zaštitu svojih posjeda, grupa od dvadeset vlastelina, odlučila je 1336 podignuti tvrđavu ili grad u Vignju. Taj pokušaj, međutim nikad nije realiziran.
Već u 14 st. u Vignju se spominje desetak zaseoka koji se nalaze udaljeni od mora, u podnožju brda, zbog opasnosti od gusara.
Najveće naselje u to doba bila je Basina (Basiljina) koja se prvi put spominje 1389 kao Vassilina, po Vasiliju koji je bio stanovnik iz pred dubrovačkog razdoblju.
Ostali zaseoci kasnije se formiraju te tako imamo zaseoke Brainicu, Dol, Pirovića selo, Njakarino, Sokolovo, Dujmovića, Podac, Jerkovo, Šapetino, Kraljevića, Gagića, Čikatića, (Kovačevića) i Habića selo. Od 17 st. kuće se uslijed ekonomskog procvata počinju graditi i na samoj obali, a pravi centar Viganj dobiva 1671 gradnjom Dominikanskog samostana i crkve Gospa od Rozarije, te 1760 dogradnjom župne crkve Sv. Mihovila.
Razvojem pomorstva u svijetu s početkom 17 st. Viganj doživljava najveći procvat. Razlog tomu je i veliki potres 1667 u kojem je stradao Dubrovnik i veliki broj njihovih plemića.
Zbog toga je dubrovačka vlada morala inicijativu za daljnje vođenje pomorstva prepustiti u većoj mjeri pomorcima iz građanskog staleža i kmetovima. Zbog velikog udjela u pomaganju u obnovi Dubrovnika viganjski brodovlasnik Ivan Krstelj oslobođen je svih poreza i nagrađen plemićkim naslovom. Kmetovi su odlazeći na brodove doprinosili višestruko domaćinstvu. Odlaskom na brod kmet bi postajao slobodni građanin s pravom da otkupi dio broda ili zemlje kod kuće. Pomorstvo je krajem 17 st. uhvatilo toliko maha da su gotovo svi muškarci bili na moru.
Osim na brodovima dubrovačke zastave, Vignjani su navigavali i na mletačkim, austrijskim, ruskim, francuskim, španjolskim i engleskim brodovima. Vremenom su postojali sve bogatiji, a u mjestu se počinju graditi velebne kapetanske kuće. Vrhunac pelješko pomorstvo doživljava sredinom 19 st. kada među ostalima i viganjska obitelj Kovačević osniva vlastito pomorsko društvo “Braća Kovačević” sa sjedištem u Marseillesu. Krajem 19 st. nebrigom vlasti i zahvaljujući sve većoj konkurentnosti parobrodarstva, propadaju sve pelješke pomorske kompanije, tako da 1907 godine prodajom zadnjeg jedrenjaka Pelješac poslije više od 350 godina ostaje bez ijednog broda duge plovidbe. U tom periodu Viganj je dao 117 kapetana.
Propast pomorstva na Pelješcu uzrokovalo je uz opću krizu i val migracije. Tako je većina stanovnika Vignja emigrirala u strane zemlje poput Amerike, Australije i Novog Zelanda. Od tog vremena pa do procvata turizma Viganj uglavnom stagnira, a velike nesreće poput Drugog svjetskog rata, potresa 1962, Domovinskog rata, te požara 1998 samo su doprinijele stagnaciji mjesta.
Razvojem turizma, a naročito zahvaljujući jedrenju na dasci, Viganj počinje doživljavati uspon, a strani državljani kupuju stare kapetanske kuće koje se nedugo potom obnavljaju.
Autor: kapetan Ivan Pamić